緊急事態宣言の発令で普通きっぷをはじめ、通勤・通学定期券も払い戻し対象になっています。
払い戻し対応は各鉄道会社によって若干違いますが、今回は利用者の多いJR東日本の対応を紹介します。

結論から言うと、

定期券の残りの有効期間が1ヶ月以上で
特定日以降利用していない定期券であれば1ヶ月単位で払い戻し

払い戻し手続きの締め切りは緊急事態措置期間の最終日の翌日から１年以内なので急ぐ必要なし

定期券に付随するチャージ分を使うと払い戻し期間が短く計算されてしまう

手数料は220円
です。
「チャージ分の利用」については「チャージ分での乗車」なのか「コンビニなどでの利用」も対象になるのか言及がありません。

払い戻しを急ぐ必要はないのですが、お買い物でのスイカの利用は控えた方がいいかもしれません。
また、1ヶ月に数日しか定期を使わない場合、きっぷを買ってあとで定期の払い戻しを受けたほうがお得になるかも？

公式の案内はこちらです
▶JR東日本 新型コロナに伴うきっぷの払い戻し



小・中・高・特別支援学校などで使う「通学定期券」は2/28を最終使用日として1ヶ月単位で払い戻し。
大学定期は対象となっていません。
2/28以降に定期券利用、チャージ利用をすると【対象外】に



通勤定期と大学・短大・専門学校で使う通学定期は4/8以降使用がなければ1ヶ月単位で払い戻し
4/8以降に定期券利用、チャージ利用をするとその日を最終利用日として1ヶ月単位で払い戻し

テレワークでほとんど会社に行っていない！という方は
たまの出勤日は定期を使わず、きっぷを買った方が後で払い戻しを受けられるかもしれません。
通勤定期は会社が支払っていることも多いでしょうし、手残りが増える可能性があるので今一度お確かめください。

スイカのチャージ分を利用するとまた不利になるかもしれないので、コンビニやスーパーでのスイカ払いは控えたほうがいいかもしれないですね。

詳しくはこちら
▶JR東日本 新型コロナに伴うきっぷの払い戻し

ルールが細かいので、ご自身の定期が払い戻し対象になるかどうか公式サイトでご確認ください。

各鉄道会社も似たような対応ですが、微妙に内容が違っています。
JR利用でも東京メトロ乗り換えがあれば、メトロはメトロで独自の払い戻しルールがありますのでご注意ください。

【主要各線の対応】

▶東京メトロ：新型コロナウイルス発生に伴う定期乗車券、回数乗車券及び企画乗車券の取扱いについて　（4月20日更新）

▶埼玉高速鉄道：新型コロナウイルス感染拡大防止に伴う乗車券の払いもどしについて（2020年4月17日更新） | 埼玉高速鉄道　埼玉スタジアム線 | 都心直結、埼玉スタジアム直結

▶西武鉄道：新型コロナウイルス感染症の感染拡大防止に伴う定期乗車券・回数乗車券の取扱いについて
※西武は現状 大学定期、通勤定期について払い戻しの案内が出ていないようでした

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